运输船是完全由玩家掌控的战略单位，它是你进行跨海域兵力投送和物资补给的直接工具。玩家需要通过己方的码头或特定海军建筑来建造或获取运输船，之后每艘船的调动、航线选择以及任务执行都取决于你的指令。你可以根据战场需求，自由选择是将它们用于快速部署小规模部队，还是承载坦克等重型装备进行大规模转运，整个从建造到出航的决策链都握在玩家手中。
控制运输船的核心在于装载与航线规划。在部队管理界面，你可以手动将步兵、轻型装甲车等陆军单位拖入运输船的载重舱位，系统会实时显示剩余容量，超载则无法启航。规划航线时，你需要在小地图上手动设定起点和终点，并全程决定航行路径，必须主动避开敌方控制的海域或高危区域。这个过程中，运输船自身不具备战斗力，因此你是否为其搭配护航舰队、如何选择迂回路线以躲避敌方巡逻队，都直接体现了玩家的控制力与战略预判。
航行过程中的控制体现在对突发状况的应对上。运输船一旦出发，其航行状态受到你的监控，你可以根据侦察机反馈的实时敌情，手动命令舰队改变航向或暂停前进。游戏中的天气系统会影响航速，玩家需要根据雾天或夜晚的环境决定是否继续航行以降低被发现的概率。运输船的燃油和耐久状态也需要你留意，确保其不会因资源耗尽而困在海上。这些持续的微操和决策，正是玩家对运输船实现精细化控制的证明。
抵达目标区域后，卸货环节更是玩家控制的集中体现。你需要手动选择在友方港口停靠还是进行风险较高的海滩卸货。进入运输船管理界面，你可以自行勾选需要优先卸载的特定兵力或物资类型，并决定卸货的顺序。在此过程中，必须主动命令护卫舰队展开警戒，或指挥防空部队提供掩护。如果遭遇敌方袭击，你需要立刻做出暂停卸货、让运输船撤离或是呼叫支援的决策，这些行动都离不开玩家的直接指令。
后期对运输船的控制还延伸至升级与协同层面。你可以通过科技研发解锁更高级的运输船，提升其载重和航速，并通过改造槽安装特定配件。在进行大规模作战时，控制多艘运输船组成编队，采用梯次出发、分散风险的航行策略，或者与盟友的运输船队进行协同，共享港口和护航资源，这些高级战术都建立在玩家对运输船单位的深度掌控之上。从一艘船的调动到一支船队的运营，控制权始终在你手中。
